Меджлис в ЕСПЧ представляют Правозащитный центр «Мемориал» (юридический директор Кирилл Коротеев, юристы Марина Агальцова и Татьяна Глушкова), Европейский центр защиты прав человека (EHRAC, Лондон) и Украинский Хельсинкский союз по правам человека.

В феврале 2016 года прокурор Республики Крым подал заявление в суд о признании Меджлиса экстремистской организацией. 26 апреля 2016 года Верховный суд Республики Крым признал Меджлис экстремистской организацией. Верховный суд РФ отклонил апелляционную жалобу Меджлиса 29 сентября 2016 года.

12 апреля 2016 года прокурор Крыма приостановил деятельность Меджлиса.

О преследовании крымских татар и подавлении инакомыслия в Крыму писали ведущие мировые правозащитные организации (см. доклады «Крым во тьме: преследование несогласных» Amnesty International и «Украина: атмосфера страха и репрессий в Крыму»Human Rights Watch).

Для преследования широко применяется российское анти-террористическое и анти-экстремистское законодательство. Все больше людей обвиняют, часто — безосновательно, в том, что они являются членами «Хизб-ут Тахрир» (организация запрещена в России). Ильми Умерова, зампредседателя Меджлиса, обвиняют в призывах к сепаратизму («Мемориал» считает его преследование незаконным и политически мотивированным). Ахтема Чийгоза обвиняют в организации массовых беспорядков в связи с событиями 26 февраля 2014 года, Али Асанова и Мустафу Дегерменджи — в участии в этих беспорядках. Все трое находятся под стражей, «Мемориал» включил их в список политзаключенных.

Правозащитники задокументировали 18 насильственных исчезновений, которые до сих пор не расследованы. Тела нескольких активистов нашли со следами избиений и пыток.

Мустафе Джемилеву, бывшему председателю Меджлиса, и Рефату Чубарову, нынешнему главе Меджлиса, запрещено въезжать на полуостров. Против них возбуждены уголовные дела. Нескольким членам организации угрожали, их притесняли, российские власти преследуют их, десятеро из них обвинены в совершении административных правонарушений и уголовных преступлений, один находится в заключении.

Власти незаконно обыскивают мечети, исламские школы и частные дома крымских татар. Многие были вынуждены уехать на Украину или в материковую Россию.

Несколько крымско-татарских СМИ запрещены, другие преследуются. Канал «АTR» — единственный канал, вещающий на крымско-татарском языке, — был вынужден прекратить деятельность, поскольку российские власти отказали ему в получении лицензии. Ранее сотрудники ФСБ угрожали сотрудникам телеканала, чтобы те прекратили передавать информацию о преследовании крымских татар и обысках в их домах. Газету Меджлиса «Авдет» выселили из здания, которое они занимали долгие годы, предварительно прокуратура прислала извещения, что в газете публикуются экстремистские материалы (например, призывы к бойкоту выборов и использование слов «аннексия» и «оккупация» по отношению к Крыму).

В жалобе в ЕСПЧ Меджлис указал, что включение его в список экстремистских организаций и прекращение его деятельности нарушают статью 11 (свобода собраний и объединений) Европейской конвенции о защите прав человека и основных свобод. Кроме того, организацию запретили, а ее членов преследуют в связи с их политической позицией, что является нарушением статьи 18 (пределы использования ограничений в отношении прав). Меджлис также пожаловался, что российские суды не признают его статуса как представительного органа коренного крымского народа, тем самым нарушая статью 14 (запрет дискриминации). Члены Меджлиса также утверждают, что были лишены права на справедливое судебное разбирательство (статья 6) и что они не могли предположить, что их деятельность станет нарушать анти-экстремистское законодательство (статья 7 — наказание исключительно на основании закона).

На рассмотрении ЕСПЧ находится около трех тысяч отдельных жалоб, имеющих отношение к событиям в Крыму и на Востоке Украины.