Случаи возникновения эпидемии продолжались до сентября 1666 года, но уже более медленными темпами. Большой (Великий) пожар (англ. Great Fire of London), который случился в Лондоне со 2 по 3 сентября уничтожил дома в большинстве густонаселенных районов. Примерно в это же время, вспышки чумы прекратились, вероятно, вследствие того, что большинство инфицированных блох, которых переносили крысы, погибли во время пожара.