Раскопки проводились в Тель-эль-Амарне, археологической экспедицией под руководством немецкого египтолога Людвига Борхардта. Вечером 6 декабря 1912 года, подводя итог рабочего дня, Борхардт написал в своем полевом дневнике:

«Описывать ее бесполезно, ее нужно видеть!» Археолог сразу понял, что перед ним шедевр, равного которому еще не видел свет. Поразительным было всё: феноменальная красота, художественное совершенство статуи и ее удивительная сохранность — даже краски сверкали практически в первозданном виде»,

Находка была сделана не в Долине царей и не в знаменитых городах вроде Мемфиса или Фив, а в глухой пустыне, в 300 километрах от Каира. В этом египетском захолустье, под толщей песка был погребен Ахетатон — столица фараонов XVIII династии, правивших в Египте в XIV столетии до нашей эры.

Выдающаяся находка не стала немедленно мировой сенсацией исключительно по инициативе самого руководителя раскопок. Дело в том, что по договору с египетским правительством немецкий археолог должен был половину найденных объектов оставлять в Каирском музее и лишь второстепенные артефакты разрешалось вывезти в Берлин. Ученый понимал, что шум вокруг уникального бюста приведет к тому, что заполучить его легально будет невозможно, поэтому сделал вид, что это не самая выдающаяся находка из тех, что были обнаружены при раскопках «мастерской скульптора Тутмоса», как условно называли объект, исследуемый его экспедицией. Даже гостям из Германии, среди которых были представители правящего дома, показали все артефакты, кроме Нефертити.

В 1913 году бюст Нефертити был вывезен в Германию и хранился в доме крупного предпринимателя и второго казначея «Германского восточного общества» Джеймса Симона, лично финансировавшего раскопки в Египте. В 1920 году Джеймс Симон передал скульптуру в дар «Музею Азии» в Берлине.

С началом Второй мировой войны бюст Нефертити был помещён в ящик под № 28 хранилища «Reichsbank», а в 1941 году перевезён в бункер зенитной башни в Берлинском зоопарке

В марте 1945 года художественные и культурные ценности из бункера были эвакуированы в Тюрингию и помещены в соляную шахту комбината Кайзеррода в Меркерсе.

4 апреля 1945 года, через тринадцать дней после занятия Меркерса частями 3-й американской армии, бюст Нефертити перевезли в «Reichsbank» во Франкфурте-на-Майне.

После Второй мировой войны американцы создали в Висбадене Центральный пункт сбора произведений искусства, и бюст Нефертити в ящике с подписью «раскрашенная египетская царица» был перемещён из Франкфурта в Висбаден. Начальник Центрального пункта сбора капитан Уолтер Фармер воспрепятствовал вывозу бюста в США.

12 мая 1946 года в Висбаденском музее открылась организованная по инициативе Уолтера Фармера выставка художественных ценностей из берлинских музеев, где также демонстрировался бюст Нефертити.

В январе 1947 года немецкий журнал «Spiegel» сообщал, что выставку посетило более 200 000 посетителей. В 1948 году все произведения искусства, вывезенные из Берлина, были переданы в управление правительству земли Гессен, и до 1956 года бюст оставался в Висбадене.

Бюст Нефертити вернулся в Берлин 22 июня 1956 года и в течение одиннадцати лет экспонировался в картинной галерее Музейного центра в Далеме, а затем был передан Египетскому музею и собранию папирусов, экспозиция которого открылась в Шарлоттенбурге 10 октября 1967 года.

До 28 февраля 2005 года бюст Нефертити вместе с остальной частью древнеегипетской коллекции постоянно хранился в восточном штюлеровском здании в Шарлоттенбурге и покинул его лишь на время первого томографического исследования в клинике Свободного университета Берлина.

В октябре 2009 года открылся реконструированный Новый музей, и бюст Нефертити вернулся на своё первоначальное место на Музейном острове. Скульптурный портрет за инвентарным номером 21300, считающийся главным экспонатом музея и привлекающий множество посетителей, находится в отдельном купольном зале с комбинированным освещением.

Фотографировать бюст запрещено.

PS. Египет продолжает добиваться возвращения бюста, но Германия категорически отказывается вернуть культурную ценность на Родину.