Вирус мутирует. По планете «гуляют» три типа нового коронавируса — ученые
Три типа коронавируса SARS-CoV-2, вызывающего инфекцию COVID-19, распространяются в настоящее время по миру, как выяснили ученые из Кембриджа. Об этом 8 апреля говорится в статье на портале Национальной академии наук США The Proceedings of the National Academy of Sciences.
Это произошло по той причине, что по мере распространения по планете оригинальный штамм SARS-CoV-2 мутировал. Филогенетический сетевой анализ 160 полных геномов SARS-CoV-2, собранных по миру в период с 24 декабря 2019 года по 4 марта 2020 года, выявил три различных штамма этого коронавируса, отличающихся аминокислотными изменениями. Исследователи назвали их A, B и C.
Первый из них, так называемый «предковый тип», встречается в основном за пределами Восточной Азии, в значительной степени — в Австралии и США. Две трети образцов, собранных в США, относятся именно к этому, оригинальному, типу. Ученые отметили то, что штамм А распространился больше на Западном — Тихоокеанском побережье Соединенных Штатов, в то время как в Китае большенство зараженных — с вирусом типа B.
Тип А затем мутировал в B, который является сейчас наиболее распространенным в Восточной Азии. Для типа B все, кроме 19 из 93 образцов данного типа, были отобраны в Ухане (22 образца), в других частях Восточного Китая (31 образец) и, отчасти, в соседних азиатских странах (21 образец). За пределами Восточной Азии, 10 B-штаммов были найдены в вирусных геномах из Соединенных Штатов и Канады, один — в Мексике, четыре- во Франции, два — в Германии и по одному в Италии и Австралии. В Швейцарии, Германии, Франции, Бельгии и Нидерландах также преобладал этот тип источника болезни COVID-19.
Третий тип вируса SARS-CoV-2 — тип С, «дочерний штамм» типа B, уже возник за пределами Китая и встречается в основном у жителей Европы. В наборе данных это самый крупный европейский тип, имеющий представителей во Франции, Италии, Швеции и Англии, а также в штате Калифорния и в Бразилии. Он отсутствует в образцах из материкового Китая, но заметен в Сингапуре, а также встречается в Гонконге, Тайване и Южной Корее. Отмечают, что в Великобританию проник именно этот штамм из Сингапура.
Кембриджские исследователи считают, что вирус, постоянно мутирует. Он пытается преодолеть устойчивость иммунной системы в разных популяциях. Результаты исследования могут помочь предсказать будущие эпицентры распространения заболевания.
Дополнение:
Из журнала неизвестного профессора — Коронавирус. Разнообразие в однообразии.
Maxim Petrosyan 12 Апреля 2020Коронавирус. Разнообразие в однообразии.
Заголовок этого поста звучит парадоксально. На самом деле никакого парадокса нет. Расшифровывается он очень просто. Нуклеотидные последовательности в геномах SARS-CoV-2 (уже сиквенировано около 3500 изолятов) чрезвычайно сходны (сходство — 99.8%). В этом и есть однообразие. Но две десятых процента различий позволяют отнести известные изоляты вируса к одной из нескольких групп. Эти группы называют по разному – типы, подтипы, кластеры, клейды, генотипы, линии (lineage). Договориться о единообразной номенклатуре и правилах присвоения названий этим группам ещё предстоит. Но суть от этого не меняется – внутри генетического однообразия SARS-CoV-2 имеется достаточно четко структурированное разнообразие, причем развивающееся во времени (эволюционирующее). Заголовок отображает это «двуединство», хотя, признаюсь, поставил я его не без задней мысли – привлечь побольше читателей.
Высокая степень сходства геномов SARS-CoV-2, с прагматической точки зрения, очень хороший знак. Если оно сохранится, это значительно облегчит лабораторную диагностику этой инфекции, разработку и использование вакцины. Такое высокое сходство вряд ли случайно. По видимому, на мутационную изменчивость SARS-CoV-2 наложено много ограничений. Иными словами жизнеспособными являются относительно небольшое количество мутантов этого вируса. Теоретически, мутация (замена нуклеотидов, их выпадение или вставка) могут произойти в любой из позиций геномной последовательности (говоря профессиональным языком – «сиквенса»), а в референс-геноме SARS-CoV-2 29903 нуклеотида. Но результатом большинства мутаций являются нежизнеспособные варианты (в эволюционном смысле). Не исключено, что некоторые из таких «нежизнеспособных» мутантов могут реплицироваться и передаваться, но менее эффективно, чем основные варианты вируса, вследствие чего они быстро «вымирают».
То что, внутри однообразия геномов SARS-CoV-2 уже достаточно четко обозначились «подгруппы» (каким бы не было их название), тоже очень важно. Этот процесс не статичный. Вирус постоянно эволюционирует. Различия между подгруппами и «распределение» индивидуальных изолятов SARS-CoV-2 в ту или иную подгруппу возможно только с помощью очень сложных, «изощренных» математических методов филогенетичского анализа (см здесь: virological.org/t/a-dynamic-nomenclature-for-sars-cov-2-to-assist-genomic-epidemiology/458 и www.pnas.org/cgi/doi/10.1073/pnas.2004999117 ).
Пока нет никаких данных о том, что эти генетические отличия транслируются в биологические – степень контагиозности (заразности), вирулентности (болезнетворности) и другие. Но будет ли так и дальше? Это большой вопрос. Ведь в человеческой популяции SARS-CoV-2 циркулирует совсем не долго (скорее всего с октября-ноября 2019). Приведет ли эволюция этого вируса к формированию биологически различимых подтипов? Если это произойдёт, то в тест-систему для диагностики и в вакцину нужно будет вводить разные антигенные варианты вируса. На мой взгляд, в краткосрочной и среднесрочной перспективе это не актуально. А в долгосрочной? Кто знает, насколько долго, нам нужно будет «уживаться» с SARS-CoV-2?
Процитированные мною работы (одна уже опубликована, другая пока только выложена на форуме молекулярных вирусологов) малопонятны неспециалистам. Но если изучать эти статьи по «принципу матрешки», т.е. начинать с поверхностного слоя и не пытаться добраться до последней матрёшки, то кое-что понятно и неспециалисту. Для примера, ясно, что среди SARS-CoV-2 в начале эпидемии появились две линии – А и В. Более «древней» (наиболее сходной с ближайшим «родственником» среди коронавирусов летучих мышей) является линия А. Но в ходе развития эпидемии существенно большее распространение получила линия В. В течение эпидемии обе линии стали разветвляться. Наиболее полный, на сегодняшний день, анализ (проанализировано 2685 полных геномов) позволяет выделить 5 дочерних подлиний в линии А и 9 дочерних подлиний в линии B. Ветвление подлиний продолжается. Нужно отметить, что такого рода филогенетический анализ это фактически наблюдение за эволюцией вируса в «режиме реального времени». Такого в истории вирусологии ещё не было (не считая модельные опыты с бактериофагами). Как я пытался объяснить выше, значение подобных исследований далеко не только академическое. Они уже создали «инструментарий» для генетической классификации индивидуальных изолятов SARS-CoV-2. Самое время приступить к сравнительной биологической характеристике вирусов, попадающих в разные генетические линии. Чем исследователи, работающие в этой области, по всей вероятности, уже занялись. Будем следить за результатами.
Maxim Petrosyan 12 Апреля 2020
Ты можешь казаться умнее, выход есть. Перестать постить всякую белеберду, исчезни. И тогда, никто больше не сможет сказать что ты глупая
