Особенностью ближневосточной гидрогеографии является крайне неравномерное распределение ресурсов пресной воды. Основные гидроресурсы ближневосточного региона находятся в его северной части (восток и юго-восток Турции, северные территории Ирана и Ирака – в основном на территории этногеографического Курдистана) и «транспортируются» в зоны дефицита воды через систему водных артерий (рек и подземных источников). Наглядным примером является речная система Месопотамии – бассейны рек Тигр и Евфрат и их притоков. В контексте более масштабных региональных и глобальных проблем, таких как арабо-израильский конфликт, проблема воды, при определенных условиях, может приобретать более резкое звучание и способствовать дополнительной эскалации напряженности.
«Водные» разногласия между Турцией и Сирией начали обостряться в 1970–80-е гг., когда Турция приступила к строительству и вводу в эксплуатацию гидроэнергетических и ирригационных сооружений и претворению в жизнь проекта Юго-восточной Анатолии, известного под аббревиатурой GAP.
В ходе строительства дамб Турция обычно удерживала поток вод Евфрата в Сирию в пределах 500 куб. метров в секунду, еще более сокращая его, когда настало время заполнения водой водохранилищ, что приводило к возникновению напряженности между двумя странами.
Так, 13 января 1990 г. турецкие гидротехники для заполнения водохранилища у плотины им. Ататюрка остановили на месяц сток вод Евфрата в Сирию. Русло реки от южных границ Турции до искусственного озера Эль-Асад в районе города Алеппо стало полностью сухим. Анкара продемонстрировала свое мощное «водное оружие».
Межгосударственные отношения между Турцией и Сирией были накалены до предела.
Хотя Турция и утверждала, что приняла все необходимые меры для минимизации ущерба Сирии и Ираку, вызванного «технической необходимостью» при строительстве гидросистемы, в арабском мире эти действия Турции однозначно оценивались как преднамеренное лишение арабских стран вод Евфрата. Однако и ранее односторонние действия турецкой стороны по использованию водных ресурсов не раз являлись причиной кризисов в отношениях между Турцией, с одной стороны, и Сирией и Ираком – с другой (например, в 1974 и 1981 годах во время строительства плотин Кебан и Каракайя).

Сирийская официальная позиция состоит в том, что река Евфрат является международной водной артерией и требует равномерного распределения ее водных ресурсов. Официальный Дамаск не раз пытался поднять данную проблему на международной арене, предлагая решать разногласия в Международном суде и Международной правовой комиссии. Напротив, турецкая сторона характеризует р.Евфрат как «трансграничные воды», которые в достаточном количестве транспортируются в страны, находящиеся ниже по руслу реки – Сирию и Ирак. Несколько раз стороны пытались прийти к согласию по водной проблеме, однако трехсторонние встречи часто завершались лишь согласованием технических вопросов. Более того, Ирак и Сирия нередко бойкотировали созываемые Анкарой совещания по водным проблемам.

В конце ХХ века в двусторонних отношениях Сирии и Турции особое место занимала курдская проблема. После иранцев, турок и арабов курды – самый многочисленный этнос ближневосточного региона, который до сих пор не имеет государтсвенности. По разным оценкам, их число варьируется от 35 до 40 млн. чел.: около 20 млн. в Турции, 6–8 млн. – в Ираке, 3–5 млн. – в Иране, около миллиона – в Сирии, остальные – в странах Закавказья, Средней Азии и Европы.

80–90-е гг. ХХ в. особенно в периоды обострения «водных» проблем Сирия, не имея серьезных рычагов влияния на ситуацию, вступила в отношения с Рабочей партией Курдистана (РПК) и ее лидером Абдуллой Оджаланом, который уже в начале 1980 гг. вместе с некоторыми активистами РПК нашли убежище в Сирии, так как после военного переворота в Турции 12 сентября 1980 г. военные власти развернули преследование всех партий левого толка, включая курдские националистические группы. Восьмилетняя война между Ираном и Ираком, создавшая вакуум в северном Ираке, позволила Оджалану сделать крупный шаг в становлении своей организации. РПК создала свои отделения и военные базы в Сирии и Ливане, а также военные базы в Северном Ираке и Иране и к концу войны превратилась в серьезный дестабилизирующий фактор во внутренней и внешней политике Турции.

Нерешенность вопроса о принадлежности Искендеруна негативно воздействовала на общий тон взаимоотношений двух стран, однако Сирия на протяжении последних десятилетий избегала открытой постановки вопроса о необходимости скорейшего урегулирования территориальной проблемы с Турцией, так как перед ней на повестку дня встал еще более важный вопрос, связанный с возвращением Голанских высот, захваченных Израилем в ходе «Шестидневной войны» 1967 г.