Керченский музей — один из первых публичных государственных историко-археологических музеев нашей страны. Он был официально открыт в июне 1826 г. (кстати, в Киеве Исторический музей был основан лишь в 1899 г., а Государственный исторический музей в Москве — в 1872 г.). Именно в Керчи в XIX в. происходило становление полевой классической археологии Российской империи.
Однако специально построенное здание музея на горе Митридат в виде античного храма было разрушено и разграблено британскими войсками во время Крымской войны. После этого музей долго скитался по наемным помещениям и лишь в 1922 г. получил одно из лучших зданий города (памятник архитектуры XIX в.) — особняк табачного магната К.Месаксуди.
С учреждением в 1987 г. на базе музея Керченского историко-культурного заповедника встал на повестку дня вопрос полной реконструкции здания и выставочных залов, начатой в 1989 г. И музей закрыли более чем на десять лет.
И вот в 2001 г. восстановлением музея в его прежнем археологическом значении занялся Фонд «Деметра». Через несколько лет были полностью реконструированы три основных здания музея, открыты 8 выставочных залов и Золотая кладовая.