Под именем Yersinia pestis скрывается патоген, в свое время уничтоживший треть населения Европы, а также еще массу народа в Африке и Азии. Он ответственен, в частности, за то, что называют «Черной смертью» — одну из трех крупнейших пандемий чумы, зародившуюся в Монголии и уничтожавшую европейцев в период с 1346 по 1351 год. Спустя почти семь веков человечество решило разобраться, как ей удалось достичь тогда таких чудовищных результатов.

Изучать древние патогены важно для понимания того, какими извилистыми путями шагает их эволюция, и каких сюрпризов стоит ожидать от микроскопических врагов в будущем. Современные технологии секвенирования* и совершенствование методов манипуляции с ДНК позволили коллективу ученых из Канады, США и Германии реконструировать геном возбудителя европейской эпидемии бубонной чумы XIV века. Генетический материал удалось получить из останков жертв эпидемии, захороненных в Восточном Смитфилде — районе современного Лондона. Статью о первом секвенированном геноме древней патогенной бактерии опубликовал в октябре этого года журнал Nature.

Исследовать древнюю ДНК непросто. Во-первых, она довольно плохого качества, поскольку деградирует от смены температур, влажности и времени. Приходится иметь дело с фрагментированными и поперечно-сшитыми молекулами. Во-вторых, не всегда легко доказать множеству скептиков, что выделил именно то, что нужно. В случае с Yersinia pestis споров было много. Поначалу некоторые ученые даже считали, что в Средние века свирепствовала не чума, а скорее какой-то вариант геморрагической лихорадки типа той, что вызывает вирус Эбола.

В 2000 году коллектив под руководством Дидье Рауля (Didier Raoult) опубликовал результаты работы, в ходе которой была выделена ДНК из зубов людей, погребенных в одном из мест массового захоронения жертв эпидемии XIV века. Ученые амплифицировали фрагменты ДНК при помощи ПЦР и показали, что в образцах содержатся последовательности генома Yersinia pestis, и, следовательно, в те годы в Европе бушевала именно чума. Однако повторение эксперимента другими авторами под руководством Томаса Гилберта с использованием более крупной выборки результатов не дало.