Балтийский флот был создан при Петре I в начале XVIII века. Боевое крещение получил во время Северной войны 1700—1721 годов (победы при Гангуте, Эзеле, Гренгаме и др). Датой рождения Балтийского флота Приказом Главнокомандующего ВМФ России от 19 декабря 1995 года, объявлено 18 мая в честь первой победы русских войск на Балтике, под командованием Петра I над двумя небольшими шведскими судами. С 1996 года этот день ежегодно отмечается как День Балтийского флота.

Изначально главной базой флота был Санкт-Петербург. С 1720-х годов и до 1946 года главным пунктом базирования становится Кронштадт. По настоящий день Балтийский флот является основной учебной базой для ВМФ России. Совместно с Северным флотом, 1-м командованием ВВС и ПВО, Московским и Ленинградским военными округами входит в состав ОСК «Запад». На базе 12-й дивизии надводных кораблей ожидается создание Оперативного командования в Северной Атлантике.