может исчезнуть целая колония пернатых

В пределах своей среды обитания пингвины подвержены воздействию экстремальных климатических условий и имеют различные анатомические особенности, позволяющие им приспосабливаться к этим условиям. Для теплоизоляции служит в первую очередь толстый — от 2 до 3 см — слой жира, над которым располагаются три слоя водонепроницаемых, коротких, плотно прилегающих друг к другу и равномерно распределённых по всему телу перьев. Аптерии — участки кожи, лишённые перьев, у пингвинов отсутствуют, в отличие от почти всех остальных птиц; исключение составляют некоторые тропические виды, у которых аптерии имеются на лицевой части головы. Воздух в слоях перьев также эффективно защищает от потери тепла при нахождении в воде.

Многочисленные мелкие, недифференцированные, похожие скорее на волоски перья, из которых состоит оперение, почти у всех видов пингвинов имеют на спине серовато-голубой, переходящий в чёрный оттенок, а на животе белые. Такая окраска является маскировочной для многих морских животных (например дельфинов). Самцы и самки очень похожи, хотя самцы чуть больше по размерам.

Очень заметное оранжево-жёлтое украшение на голове имеют большинство пингвинов рода хохлатые (Eudyptes).

Оперение детёнышей чаще серое или коричневое, однако у некоторых видов бока и живот имеют белый окрас.

По окончании высиживания яиц и выращивания птенцов у пингвинов начинается линька — смена оперения. Во время линьки пингвины сбрасывают большое количество перьев одновременно и на это время не способны плавать в воде и остаются без пищи до тех пор, пока не отрастут новые перья. Новые перья вырастают под старыми и как бы выталкивают их. В этот период, длящийся у разных видов от двух до шести недель, птицы используют запасы жира вдвое быстрее. Папуанский пингвин (Pygoscelis papua) и галапагосский пингвин (Spheniscus mendiculus) не имеют чёткого периода линьки, у этих видов она может начаться в любой момент между высиживанием птенцов. У птиц, не высиживающих птенцов, линька практически всегда начинается раньше, чем у остальных.