Структура военных следственных органов приведена в соответствие с новым военно-административным делением РФ.

На базе шести военных следственных управлений (ВСУ) по военным округам создано четыре (по Западному, Южному, Центральному и Восточному военным округам). ВСУ СКР по Западному военному округу с местом дислокации в Санкт-Петербурге сформировано на базе двух военных следственных управлений: по Ленинградскому и Московскому военным округам.