"Теневые энхансеры" более изменчивы и, таким образом, представляют больше материала для естественного отбора. Они могут менять места работы и активность транскрипционных факторов, настраивая системы организма к новым условиям. Ученые предполагают, что теневые энхансеры могут появляться в результате дупликаций некодирующих участков генома. Бессмысленные мутации в дубликате никак не отразятся на экспрессии генов, так как нормальное функционирование генов поддерживается основными энхансерами. Полезные мутации при этом могут стать запасным вариантом или начать работать в нестабильных или новых условиях. Поэтому появление новой копии регуляторного участка может стать начальным этапом видообразования.