Обвинения в геноциде, построенные на том, что Мери в 1949 году принимал участие в массовой депортации в Сибирь эстонцев с острова Хийумаа. Сам Мери утверждает, что его миссия на Хийумаа заключалась лишь в том, чтобы проверить списки подлежащих депортации и попытаться не допустить злоупотреблений со стороны местных властей. При этом, по его словам, списки подлежащих депортации ему получить так и не удалось, и он снял с себя ответственность за проведение операции. За провал миссии он был исключен из партии и лишен звания Героя Советского Союза.