Обычно, чтобы применить к элементу эффект, надо вызвать одну из функций класса Effect и как параметр передать id элемента, например: Effect.Pulsate('element-id');

Может кому то этого и хватает, но мне нравится другой подход, а именно: $('element-id').pulsate();

Единственная проблема — таких функций у dom элементов нет и если попытаться их запустить, то браузер выдаст ошибку. Не беда. У Prototype есть удобный механизм для создания своих функций. В этом туториале я покажу как написать функцию shake().