1. Не работай под правами root-а.
Используй “sudo” или “su -” для задач администрирования.
2. Используй менеджер пакетов, если возможно.
Иногда установки из исходников не избежать, но если использовать пакетный менеджер дистрибутива для установки программы, с его же помощью можно эту программу обновить или удалить. Это одна из сильных сторон Linux.