Виктор Мережко родился 28 июля 1937 года на хуторе Ольгинфельд Александровского района Ростовской области. В 1961 году окончил Украинский полиграфический институт во Львове, в 1968 году — сценарное отделение ВГИК. В кино драматург дебютировал сценариями короткометражных фильмов «Зареченские женихи», «Тигры на льду», а первый полнометражный фильм по его сценарию — лирическая комедия «Здравствуй и прощай» был поставлен Виталием Мельниковым в 1973 году.

Затем Виктор Мережко работал с ведущими советскими режиссерами и как сценарист участвовал в создании таких заметных фильмов, как «Трясина» Григория Чухрая (режиссер также выступил и соавтором сценария), «Вас ожидает гражданка Никанорова» Леонида Марягина, «Родня» Никиты Михалкова, «Одинокая женщина желает познакомиться» Вячеслава Криштофовича, «Прости» Эрнеста Ясана. В числе создателей картины «Полеты во сне и наяву» Виктор Мережко был удостоен в 1987 году Государственной премии СССР. Среди последних работ сценариста — фильмы «Собачий пир», поставленный Леонидом Менакером, и «Курочка Ряба», снятая Андроном Михалковым-Кончаловским.

После успеха телесериала «Сонька — Золотая Ручка» Виктор Мережко по заказу российского Первого канала заканчивает съемки фильма «Нелюбовь». Кинорежиссер Виктор Мережко — один из основателей премии «Ника» и президент фестиваля «Киношок».