11 ноября 1993 года первый президент России Борис Ельцин выделил из Главного управления охраны (бывшего 9 управления КГБ СССР) самостоятельную Службу безопасности президента (СБП).

Широкую известность это ведомство получило после публикации в «Известиях» в ноябре 1994 года статьи под названием: «Кто управляет Россией: Ельцин, Черномырдин или генерал Коржаков?», где приводились факты вмешательства начальника СБП в распределение нефтяных потоков пришедшими к власти «демократами». Много шума наделала и операция «Мордой в снег» 2 декабря 1994 года, когда сотрудники СБП задержали вооруженных людей из охраны Гусинского – бойцов службы безопасности «Мост-банка» у здания мэрии Москвы на Калининском проспекте.

Деятельность СБП заметно выходила за рамки физической охраны президента. В конце 1994 года в составе СБП были созданы отделы «К» и «П», занимавшиеся расследованием коррупции в соответственно в кремлевской администрации и в правительстве. В частности, генпрокурора Ильюшенко удалось даже отправить на нары. Юрий Скуратов был в 1995 году назначен Генпрокурором именно с подачи отдела «П».

Влияние СБП достигло своего пика в первой половине 1996 года. При этом государственническая позиция СБП всё более противоречила интересам «либералов», группировавшихся вокруг Чубайса, Березовского и Гусинского. 19 июня 1996 года сотрудники отдела «П» задержали в здании правительства РФ с поличным двоих людей Чубайса со знаменитой «коробкой из-под ксерокса», набитой долларами. Воспользовавшись этим, в тот же день на личной встрече с Ельциным Чубайс при поддержке и Татьяны Дьяченко добился отставки Коржакова и расформирования СБП.

СБП была восстановлена как структурная единица ФСО России в апреле 2001 года. Функции этой службы соответствуют федеральному закону «О государственной охране». В ее компетенцию входит обеспечение безопасности главы государства и его семьи.