Как правило, для изучения разнообразия микроскопических грибов в пробах воды или почвы эти грибы пытаются вырастить на искусственных средах. Но история изучения прокариот уже показала, что при таком подходе значительная часть микроорганизмов ускользает от внимания исследователей. Далеко не всякий микроб растет на тех средах, которые есть в распоряжении микробиологов. Гораздо более надежным способом оказалось выделение из проб молекул ДНК с последующим анализом нуклеотидных последовательностей. Этот подход позволил обнаружить огромное количество неизвестных ранее бактерий и архей.

Британские и испанские биологи применили эту методику для изучения разнообразия микроскопических грибов в многочисленных пробах почвы, пресной и морской воды и донных осадков. В Генбанке уже накопилось большое количество нуклеотидных последовательностей, выделенных из таких проб. В основном это гены рибосомных РНК (по ним удобно определять и классифицировать всякую мелочь). Многие последовательности остаются неопознанными или опознанными только до царства; их помечают, например, как «uncultured fungus» (гриб, не растущий в культуре).

Авторы выбрали из Генбанка последовательности генов рРНК, похожие на грибные, и построили на их основе эволюционное дерево (рис. 3). На этом дереве помимо обычных, давно известных, групп грибов, неожиданно обнаружилась большая и пышная ветвь, близкая к грибам, но при этом достаточно четко обособленная. Авторы назвали новооткрытую группу грибоподобных организмов криптомицетами (Cryptomycota). Единственное уже известное науке существо, которое, как оказалось, входит в эту группу, — Rozella, организм, паразитирующий в гифах «нормальных» грибов (рис. 4). Розеллу ранее классифицировали как примитивный («рано ответвившийся») гриб, близкий к хитридиомицетам. Теперь выяснилось, что она была первым обнаруженным представителем большой, доселе неизвестной группы эукариот.

О разнообразии криптомицетов можно судить по степени ветвистости их генеалогии (рис. 3), которая вполне сопоставима с ветвистостью родословной обычных грибов. Структура получившегося эволюционного дерева позволяет считать криптомицеты входящими в состав грибного царства, то есть грибами, однако в таком случае приходится признать, что царство это подразделяется на две равновеликие части (которым в принципе можно присвоить ранг подцарств): с одной стороны — криптомицеты (включая розеллу), с другой — все прочие грибы.