Наиболее заметным усовершенствованием новой спецификации является удвоение скорости потока. Кстати, для ее обозначения используется величина GT/s (GigaTransfers per second – миллиардов пересылок в секунду), а не Гбит/с, встречающаяся в некоторых материалах. В новой версии PCI Express максимальная скорость возросла с 2,5 до 5 GT/s. Более скоростная схема передачи сигналов позволила увеличить суммарную пропускную способность 16-линейного соединения (х16) примерно до 16 Гбайт/с.