9 августа 1999 года Путин был назначен исполняющим обязанности председателя правительства Российской Федерации. Сразу же заявил о своем намерении баллотироваться в президенты в 2000 году. 16 августа Дума утвердила назначение Путина премьером. За время работы во главе правительства особенное внимание он уделял нападению чеченских боевиков на Дагестан, а после взрыва жилых домов в Москве и Волгодонске начал вторую чеченскую кампанию.

31 декабря 1999 года, после того как президент Ельцин досрочно ушел в отставку, Путин стал исполняющим обязанности президента РФ. 26 марта 2000 года был избран президентом РФ, одержав победу в первом туре выборов. Во время первого президентского срока осуществил реформу федеративного устройства страны (ввел семь федеральных округов); произвел заметные кадровые перестановки в высших эшелонах власти (в результате чего появились термины "питерские" и "силовики"); вступил в противостояние с так называемыми олигархами — Березовским (2000), Гусинским (2001), Ходорковским (2003); совершил стратегический поворот во внешней политике России, выбрав курс на сближение с Западом (поддержал США после сентябрьских терактов 2001 года и сумел не испортить отношения с Вашингтоном после начала войны в Ираке в 2003 году).
14 марта 2004 года Путин был переизбран на пост президента, получив на выборах 71 процент голосов.