В последние годы работы Родионов оказался вовлеченным в серию скандалов. В частности, в 2005 году он разрешил проведение выставки "Русский поп-арт", которую раскритиковали последователи православия. В 2007 году после критики тогдашнего министра культуры Александра Соколова были изъяты 17 работ из экспозиции "Соц-Арт. Политическое искусство в России". Родионов выступил инициатором иска к Соколову, который затем был отозван. Аналогичный иск уже от имени Третьяковки был отклонен судом.