По версии югославского правительства, самолет был взорван хорватскими националистами на высоте 10 тысяч метров. Однако пражские журналисты Питер Хорнунг и Павел Тейнер утверждают, основываясь на засекреченных документах чешской гражданской авиации, что самолет на меньшей высоте "был сбит чехословацкими ВВС по ошибке, и чтобы скрыть ее, тайная полиция выдумала версию о падении с рекордной высоты".

Хорнунг, о расследовании которого сообщили по немецкому радио на выходных, заявил, что, судя по всему, самолет из-за неполадок отклонился от курса. По словам Хорнунга, "он начал резкое снижение и оказался рядом с засекреченной военной зоной" – всего в двух минутах полета от хранилища ядерного оружия. По данным расследования, самолет распался на части на высоте примерно 800 метров.

В пользу теории о том, что самолет DC9 был принят за источник военной угрозы, говорит тот факт, что в момент инцидента в воздухе предположительно находились советский лидер Леонид Брежнев и его коллега из ГДР Эрих Хонеккер, возвращавшиеся с конференции в Праге.