В итоге Ходорковский был осуждён на 9 лет лишения свободы в колонии общего режима по статьям

* ч.3 ст.147 УК РСФСР — «мошенничество», «в крупных размерах, или организованной группой, или особо опасным рецидивистом»
* ч.3 ст.33 ст.315 УК РФ (ред. № 162-ФЗ 8 декабря 2003) — «организатор», «неисполнение приговора суда, решения суда или иного судебного акта»
* пп."а", «б» ч.3 ст.160 УК РФ (ред. 13 июня 2006) — «присвоение или растрата», «с использованием своего служебного положения, а равно в крупном размере»
* пп."а", «б» ч.3 ст.165 УК РФ (ред. 13 июня 2006) — «причинение имущественного ущерба путем обмана или злоупотребления доверием», «совершенные организованной группой», «причинившие особо крупный ущерб»
* ч.2 ст.198 УК РФ (ред. № 162-ФЗ 8 декабря 2003) — «уклонение от уплаты налогов и (или) сборов с физического лица», «в особо крупном размере»
* ч.3 ст.33 пп. «а», «б» ч.2 ст.199 УК РФ (ред. № 162-ФЗ 8 декабря 2003) — «организатор», «уклонение от уплаты налогов и (или) сборов с организации», «группой лиц по предварительному сговору», «в особо крупном размере»
* пп. «а», «б» ч.3 ст.159 УК РФ (ред. 13 июня 2006) — «мошенничество», «с использованием своего служебного положения, а равно в крупном размере»